Entérobactéries 

Les Entérobactéries, famille de contaminants très répandus, sont recherchés dans les aliments et dans l'eau comme indicateurs de contamination et/ou comme pathogènes. Ce sont des indicateurs utiles d’hygiène et de contamination post processus des produits ayant subi un traitement à la chaleur..

Coliformes totaux

Les coliformes sont des entérobactéries. Ils sont recherchés dans les aliments car ils sont de bons marqueurs de l'hygiène des manipulations de ces aliments.

Eschérichia coli est un coliforme.
C'est un coliforme typique d’une contamination fécale des aliments. Certaines espèces sont particulièrement dangereuses et sont à l’origine d’intoxications alimentaires graves (E-coli O157). En effet elles produisent des toxines thermostables (stables à la chaleur) et/ou thermolabiles (sont détruites par la chaleur). Toutefois les aliments les plus sensibles sont les denrées insuffisamment cuites, les plats à réchauffer ainsi que les aliments prêt à consommer.

Ils sont responsables d'intoxications alimentaires par la production de toxines.
En bactériologie alimentaire, l'apparition d'une intoxication à S. aureus suppose plusieurs conditions :

• La contamination de l'aliment : elle est presque exclusivement due à une mauvaise manipulation de l'aliment par des porteurs sains ne respectant pas les exigences d'hygiène.

• Une mauvaise conservation : certains aliments dits sensibles contiennent une quantité négligeable de S. aureus mais une mauvaise conservation comme une décongélation-recongélation ou exposition prolongée à une température ambiante favorise la multiplication des microorganismes.

• Présence d'une entérotoxine dans l'aliment : Certaines souches de S. aureus sont capables de sécréter une entérotoxine qui, à elle seule, même en absence de corps végétatifs (bactérie vivante), peut provoquer une intoxication alimentaire, car les entérotoxines sont dites thermostables et résistent à de hautes températures de traitement, au-delà de ce que peut supporter la bactérie elle-même, sans être dénaturées

Clostridium perfringens

Germes se multipliant en l’absence d’air (donc dans la profondeur des produits ou dans le sous-vide) ; leur résistance à la cuisson est remarquable. Ces bactéries peuvent être présentes dans des aliments crue ou cuits : viandes en sauce (bœuf bourguignon, bœuf en daube, langue...).
La cuisson déclenche la sporulation du germe. Les spores produites sont très résistantes à la chaleur. Lors du refroidissement, s'il est lent, la spore germe et se multiplie extrêmement vite dans les denrées cuites. Ces bactéries produisent des toxines qui provoque la diarrhée.
Les sources de contaminations sont diverses : l’éviscération des animaux, la contamination fécale par le personnel, la nature ( air, sols, eaux, végétaux).

Salmonella

Bactéries pouvant être à l’origine de toxi-infections alimentaires très graves ; présentes dans le tube digestif des animaux et de l’homme (malades ou porteurs sains) ; elles sont détruites par la cuisson
Les principaux réservoirs de salmonelles sont des animaux (poulets, dindes, grenouilles, escargots, canards, ect…).
Les aliments incriminés sont habituellement des viandes hachées (hachis), de la charcuterie (saucisses, salaison, pâtés), de la volaille, des rôtis de boeuf préparés d'avance et des oeufs (ovoproduits, crème pâtissière, mayonnaise, crème glacée), du poisson et coquillages (huîtres, moules, mollusques, crustacés).
Sources de contamination : contamination initiale de la matière première (surtout volailles, œufs), faute d’hygiène lors des manipulations et contaminations croisées par l’intermédiaire des manipulations ou des surfaces de travail

Listéria monocytogenes

C' est une bactérie psychotrophe, capable de se développer à des températures froides à + 4° C. La listeria est détruite par un traitement pasteurisateur , mais des contaminations des aliments sont toujours possibles. Les aliments les plus sensibles sont donc ceux destinés à être consommés en l’état.
Cet agent pathogène d’origine alimentaire est responsable de l’apparition de la listériose. L’organisme est omniprésent dans l'environnement, et une hygiène irréprochable est requise afin de réduire au maximum sa présence dans les lieux de production alimentaire.

Bacillus céreus

Ce germe qui se retrouve de manière ubiquitaire dans le sol, est fréquemment responsable d'intoxications alimentaires opportunistes, et ce dans le monde entier mais plus particulièrement en Europe.
Il s'agit très souvent de l'ingestion d'aliments non réfrigérés après cuisson. Le nombre de germes suffisant pour entraîner une intoxication est de un million. Cette bactérie sporulante synthétise deux types de toxines : une toxine thermostable (résiste à la chaleur) et une toxine thermolabile (détruite à la cuisson)

Levures et moisissures

Les levures sont une cause fréquente d’altération des aliments, et plus particulièrement des aliments acides tels que les fruits et les jus de fruits, et des aliments à faible activité de l’eau (aw) comme les pâtisseries. Elles ne sont pas impliquées dans les intoxications alimentaires. Les moisissures peuvent également jouer un rôle significatif dans l’altération des aliments. Certaines souches sont par ailleurs capables de se développer à des valeurs d’activité de l’eau très basses (0.6-0.7, par ex.), entraînant l’altération de denrées microbiologiquement stables comme les produits de boulangerie. Bien que les moisissures ne soient pas à l’origine d’intoxications alimentaires, certaines souches peuvent produire des mycotoxines capables de provoquer de graves maladies chroniques si elles sont absorbées.

Les campylobacters

Les Campylobacter thermotolérants représentent l’une des causes les plus fréquentes de diarrhée. Les Campylobacters sont présents dans les tubes intestinaux de nombreux animaux, et plus particulièrement ceux de la volaille et des oiseaux, et peuvent par conséquent contaminer les eaux naturelles et le lait cru ainsi que la viande et la volaille. Ces organismes se développent à des températures et dans des conditions atmosphériques tout à fait particulières. La dose infectieuse étant peu élevée, la présence d’un nombre peu élevé dans les aliments prêts à consommer est significative.